Conan cùng mọi người đang tham quan chiến hạm tối tân thuộc lực lượng phòng vệ Nhật Bản. Khi hoạt động diễn tập vừa mới bắt đầu thì xuất hiện sự cố tàu lạ bất ngờ tiếp cận và ngay sau đó là một cánh tay đứt lìa xuất hiện. Lặng lẽ điều tra để giải đáp câu hỏi: đó chỉ là một tai nạn hay là một âm mưu, Conan đã tình cờ biết được sự có mặt của tên gián điệp với mật danh X và phối hợp cực kì ăn ý với lực lượng an ninh thuộc bộ phòng vệ Nhật Bản để phá án thành công.